O esquema da votação eletrônica do IPREJUN se dá com a utilização de duas tabelas onde são armazenados os dados.

Uma contém a lista dos eleitores aptos a votar, contendo as informações de login, código da pessoa, sigla do órgão, identificação do grupo (poder executivo, legislativo ou inativos), data e hora do voto (caso já tenha ocorrido), além do código do sistema para validação da senha (senha do holerite para os inativos ou senha do email para os ativos).

A outra contém o código do Recibo do voto e o candidato escolhido.

Ao validar o eleitor, o sistema verifica se o eleitor já votou (se houver informação da data e hora do voto, então já votou). Caso não tenha votado, o sistema apresenta os candidatos, e ao computar o voto, o sistema armazena na tabela de eleitores apenas a data e hora do voto. Na outra tabela, o sistema armazena o código de Recibo e o candidato escolhido. O código de recibo é um número aleatório calculado pelo sistema, e que deve ser guardado pelo eleitor para uma possível auditoria nos votos.

O sigilo do voto é garantido pela falta de relação entre as duas tabelas.

Após a eleição, a lista com os códigos de Recibo e o candidato escolhido será disponibilizada, de forma que os eleitores poderão verificar se o seu voto foi computado corretamente para aquele código de Recibo.

O número total de votos pode ser auditado pela lista dos eleitores que votaram, e os eleitores podem verificar entre sí se não foram emitidos códigos de Recibo repetidos, validando então todos os votos.

Com isso, a segurança da votação eletrônica torna-se menos suscetível a falhas do que a votação manual feita em papel.